המרכז האקדמי הישראלי בקהיר הוקם בשנת תשמ"ב (1982) על ידי האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים ביזמת המוסדות להשכלה גבוהה והחברה המזרחית הישראלית בעקבות הסכם התרבות בין ישראל למצרים ממרס 1979. האקדמיה מפעילה את המרכז במימון ות"ת. הרשויות המנחות את פעולת המרכז הן הנהלה ומועצה. מתשס"ז מנהל את המרכז פרופ' גבריאל מ' רוזנבאום, שתחומי התמחותו הם הלשון, הספרות והתרבות של מצרים המודרנית. פרופ' רחל גלון מרכזת את הקשרים בתחום מדעי הטבע.

משימתו העיקרית של המרכז האקדמי בקהיר היא להדק את הקשרים בין האוניברסיטאות ובין החוקרים במצרים ובישראל, לסייע לחוקרים משתי המדינות להשיג חומר מספריות ומארכיונים בנושאי מחקרם ולטפח מחקרים משותפים. המרכז מפעיל ספרייה לשירותם של חוקרים וסטודנטים וניתנות בו הרצאות אקדמיות בנושאים מגוונים. מן הצד המצרי רוב המשתמשים בשירותי המרכז הם חוקרים וסטודנטים בתחומי הלשון והספרות העברית ומדעי היהדות בכלל, ומן הצד הישראלי - חוקרים וסטודנטים בתחומי ההיסטוריה והתרבות המצרית והערבית. כמה חוקרים משני הצדדים קיבלו מלגות ביקור בארץ או במצרים לשם קידום מחקריהם.